古佛堰修好的第二年，即清乾隆二十六年（1761年），因管理工作一时没有跟上，三县之间，因为放水、出资维修、收取费用等问题，闹嘴打架，争水抢水，流血事件时有发生。华阳、仁寿、彭山三县知县会聚黄龙溪共商解决办法，决定三县共同建立一个松散型的机构来管理堰水关事宜。据清光绪七年《仁寿县志》记载：当时“三县各设堰长一人，专驻堰头，防秋水之泛涨，随时修筑保护。而经费亦有专人掌之，堰长责之沟长，沟长责之水户，按亩完纳，核实报销”。同时，也议定章程，明确了水费的管理：对筒口“仍分上中下三则，自堰口至丰泽洞为上则，自仁谊筒为中则，自清良筒至堰尾为下则。因其则以定经费，每亩岁派上则银一分五厘，中则银一分，下则银五厘”。并明确对其它问题作了规定：“凡车戽之田准下则，凡修恳之田报加派。凡岁修费有赢余，即留下以待来年之用”。
三县衙门，是为协调华阳、仁寿、彭山三县关于合理开发利用古佛堰水利工程而设立的跨地域的特殊管理机构。以后因为民众之间的关系发生了变化需要，三县衙门赋予总衙更多的职责和管理权限，还管人，管事，管治安。到了民国时期，三县对黄龙溪的管理基本沿袭清代管理办法。
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